More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0134 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  586  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 296 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 298 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 294 aa  317  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 294 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  53.74 
 
 		 294 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 294 aa  299  5e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 294 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 294 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 294 aa  285  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 294 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 294 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 292 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 293 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 292 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 293 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.58 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  30.96 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 296 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 298 aa  99.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 299 aa  99  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  34.52 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  29.63 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  28.14 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.52 
 
 		 290 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>