More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2101 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 292 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  95.19 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  91.41 
 
 		 293 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  70.1 
 
 		 294 aa  404  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  71.18 
 
 		 294 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  70.79 
 
 		 294 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  70.79 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  70.79 
 
 		 294 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 294 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 294 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  68.4 
 
 		 294 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  69.1 
 
 		 294 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  69.1 
 
 		 294 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  60.76 
 
 		 294 aa  326  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 298 aa  294  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  52.76 
 
 		 296 aa  285  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 296 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.01 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 311 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.05 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 307 aa  99  8e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2418  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0285418 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 350 aa  96.7  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  31.21 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 303 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  30.71 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 296 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.75 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  35.63 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0392  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  92.8  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>