More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2404 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  576  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 321 aa  235  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  44.88 
 
 		 290 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  198  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 313 aa  146  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 290 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 291 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.07 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.08 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.74 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.3 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.59 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  34.02 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 294 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 295 aa  99  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.29 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  33.61 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  23.91 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>