More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1379 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  99.67 
 
 		 299 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 314 aa  259  5.0000000000000005e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 312 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 330 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 321 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 309 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 309 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 294 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  222  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 296 aa  215  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 289 aa  215  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  38.49 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  37.12 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 360 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  36.7 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.18 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 296 aa  201  8e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  35.35 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>