More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2144 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  83.78 
 
 		 297 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  79 
 
 		 303 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  53.95 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  53.26 
 
 		 298 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 306 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 295 aa  292  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 307 aa  292  5e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 304 aa  292  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 		 295 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  49.83 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 296 aa  268  5.9999999999999995e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 300 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 300 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 300 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 294 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 294 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 294 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 		 294 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 296 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  45.49 
 
 		 296 aa  259  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 301 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 297 aa  255  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  255  7e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 317 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  44.9 
 
 		 317 aa  246  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 298 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  43.14 
 
 		 300 aa  237  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 293 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 293 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  40.4 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 304 aa  221  8e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 294 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  42 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 312 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.88 
 
 		 304 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  43.1 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 330 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  40.57 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>