More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1306 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  82.77 
 
 		 297 aa  507  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 304 aa  332  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  53.08 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 295 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 300 aa  285  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 301 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 302 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 296 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  46.05 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 298 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  43.69 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  42.66 
 
 		 300 aa  248  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 298 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.82 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  45.36 
 
 		 314 aa  236  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  45.39 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 297 aa  232  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 310 aa  231  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 330 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  38.36 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 327 aa  225  8e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 		 316 aa  225  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  42.61 
 
 		 312 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>