More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1423 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  635    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  77.24 
 
 		 330 aa  477  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  77.23 
 
 		 321 aa  474  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  68.83 
 
 		 311 aa  421  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  68.85 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  68.52 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  53.51 
 
 		 307 aa  289  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 302 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  47.1 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 321 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 301 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  44.37 
 
 		 294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 294 aa  235  7e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 294 aa  235  7e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  45 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  44.67 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  42.91 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 297 aa  227  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 296 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 295 aa  225  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 297 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 307 aa  225  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  43.28 
 
 		 317 aa  223  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.71 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  43.28 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 289 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 297 aa  218  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 303 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 295 aa  212  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 297 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  41.04 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>