More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1124 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  615  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 303 aa  353  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 325 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  61.02 
 
 		 322 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  60.2 
 
 		 305 aa  345  7e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 300 aa  326  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  56.12 
 
 		 300 aa  324  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 302 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 307 aa  301  7.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 305 aa  301  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 318 aa  281  9e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 315 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  40.34 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  40.48 
 
 		 306 aa  199  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 327 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.76 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 360 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  35 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.68 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>