More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5369 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 360 aa  733    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5628  transcriptional regulator, LysR family  52.52 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 303 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  196  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 300 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  38.26 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 322 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 305 aa  179  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 295 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 308 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  35.4 
 
 		 305 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  34.6 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 325 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 307 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0286  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.794567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 294 aa  160  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2237  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540199  normal  0.909797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>