More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5628 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5628  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.275597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 360 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  35.56 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  171  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  35.14 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  32.55 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.4 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 309 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 311 aa  165  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 309 aa  165  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  158  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 327 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  31.02 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0282  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>