More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1554 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  99.35 
 
 		 309 aa  627  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 301 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  49 
 
 		 299 aa  278  8e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 296 aa  269  4e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 296 aa  263  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 299 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.96 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 299 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 321 aa  223  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  39.25 
 
 		 306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 295 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 314 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  36.52 
 
 		 312 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  37.2 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 296 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2319  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0393136 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  34.01 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>