More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2319 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2319  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  682    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0393136 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 321 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 321 aa  180  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  35.99 
 
 		 312 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  37.29 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 317 aa  176  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  35.4 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  34.95 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 299 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 325 aa  169  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 294 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  160  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.77 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7274  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 311 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6198  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0517746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 303 aa  159  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  159  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 318 aa  159  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>