More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0457 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 312 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  50.68 
 
 		 294 aa  276  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  49.68 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  50.16 
 
 		 317 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 296 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 297 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 300 aa  252  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 298 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 		 316 aa  249  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 298 aa  248  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 304 aa  232  8.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 294 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  222  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  47.95 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 293 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 293 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  47.26 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 294 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 295 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  42.12 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 330 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 321 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  47.06 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 302 aa  202  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0772  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.162438  normal  0.780092 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0778  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4518  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.75 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 297 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>