More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4526 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  97.95 
 
 		 293 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  91.75 
 
 		 293 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0772  LysR family transcriptional regulator  85.91 
 
 		 294 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.162438  normal  0.780092 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 293 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  51.89 
 
 		 294 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  51.2 
 
 		 294 aa  286  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  51.2 
 
 		 294 aa  286  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 294 aa  262  4.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 294 aa  262  4.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 297 aa  261  6.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  48.04 
 
 		 301 aa  258  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 298 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 294 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 294 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  45.02 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 297 aa  245  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  46.23 
 
 		 317 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 300 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  43.99 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  49.83 
 
 		 297 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 295 aa  235  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  42.96 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 294 aa  229  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 303 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.13 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 316 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  41.3 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  45.62 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 330 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  41.79 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  41.3 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 321 aa  203  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0778  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  39.37 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  40.81 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>