More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3339 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 306 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  54.64 
 
 		 298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  54.64 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  48 
 
 		 307 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 302 aa  267  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  262  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 303 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 302 aa  255  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  41.64 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 296 aa  211  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.93 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  42.71 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  42.18 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 301 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 330 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 294 aa  193  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0011  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  38.26 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  38.01 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>