More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3544 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  64.51 
 
 		 297 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  61.17 
 
 		 294 aa  350  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  61.17 
 
 		 294 aa  350  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  60.82 
 
 		 294 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  56.7 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 303 aa  315  6e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 298 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 298 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 300 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 317 aa  296  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  53.24 
 
 		 317 aa  292  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  50.86 
 
 		 294 aa  280  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 293 aa  279  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 294 aa  279  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  47.69 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  278  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  53.92 
 
 		 316 aa  276  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 304 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 296 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 302 aa  268  8e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 295 aa  267  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  265  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  46.03 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 302 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 293 aa  258  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  43.3 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  46.74 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  42.96 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  49.48 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 297 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 293 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 304 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  43.88 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 301 aa  238  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  47.24 
 
 		 314 aa  236  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  48.45 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 296 aa  235  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.07 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0778  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 294 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4035  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  41.3 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>