More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1132 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  98.03 
 
 		 304 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  94.41 
 
 		 306 aa  566  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  72.85 
 
 		 301 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  71.52 
 
 		 301 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 289 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0286  LysR family transcriptional regulator  52.79 
 
 		 271 aa  256  4e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.794567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 297 aa  255  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  45.51 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 297 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  45.79 
 
 		 305 aa  246  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 311 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  45.73 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  47.97 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  42.47 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 295 aa  225  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 301 aa  225  9e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  41.78 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4035  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 313 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.88 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 295 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 295 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 295 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 311 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3504  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 309 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1294  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.652198  normal  0.118102 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.09 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>