More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3504 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3504  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  619  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4035  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 313 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  43.57 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  43.21 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  42.55 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 297 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1294  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.652198  normal  0.118102 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2575  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.187832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  38.52 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  38.27 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0896  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0286  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 271 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.794567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 295 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>