More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1313 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 302 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  69.37 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  68.77 
 
 		 311 aa  401  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  70.42 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  59.8 
 
 		 301 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  59.12 
 
 		 308 aa  342  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 306 aa  305  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 330 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 321 aa  278  8e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  51.16 
 
 		 312 aa  275  8e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 311 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 318 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 314 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 303 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 297 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 294 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  41.3 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 294 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 303 aa  225  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 295 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  41.18 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  41.64 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 295 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  40.96 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 317 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  39.12 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>