More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6279 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 302 aa  600  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 		 305 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  73.15 
 
 		 305 aa  443  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 318 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  55.1 
 
 		 305 aa  325  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 300 aa  323  3e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  54.36 
 
 		 300 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  53.9 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 325 aa  318  7.999999999999999e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 306 aa  312  3.9999999999999997e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 321 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 330 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 311 aa  215  9e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  38.83 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 312 aa  192  5e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  37.25 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  39.8 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 312 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 327 aa  186  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 307 aa  185  6e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  181  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 314 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>