More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1755 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  603  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  71.8 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 300 aa  425  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  71.33 
 
 		 300 aa  423  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  62.38 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  62.96 
 
 		 322 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 306 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 318 aa  329  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 302 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 302 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 305 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 307 aa  312  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 318 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 330 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  40.21 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  39.46 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  40 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  37.71 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 360 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>