More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3395 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  649    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  91.33 
 
 		 303 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 297 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 330 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 311 aa  247  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 308 aa  245  6e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 303 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 305 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 322 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  46 
 
 		 312 aa  232  8.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  44.17 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 296 aa  228  7e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 309 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 300 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  41.32 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 307 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1925  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.851659  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 296 aa  212  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 360 aa  209  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 310 aa  205  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  39.1 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  39.24 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1644  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.23 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  41.78 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  38.75 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 295 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1650  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.281092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  40.75 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0452  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>