More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4141 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  93.88 
 
 		 294 aa  551  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  61.17 
 
 		 301 aa  350  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  62.54 
 
 		 296 aa  343  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 303 aa  342  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  61.86 
 
 		 296 aa  340  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  60.48 
 
 		 317 aa  328  8e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 294 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 294 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 298 aa  326  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 298 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 298 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 		 294 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 300 aa  315  5e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 294 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  60.14 
 
 		 316 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 300 aa  298  7e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 		 296 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  55.78 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 293 aa  287  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 293 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 300 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 297 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 310 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  45.7 
 
 		 295 aa  275  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  50.34 
 
 		 312 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 302 aa  271  8.000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  48.8 
 
 		 303 aa  271  8.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  53.77 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 295 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 297 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 294 aa  269  4e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 302 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 304 aa  266  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 294 aa  266  4e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 297 aa  265  5e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 298 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  52.76 
 
 		 314 aa  262  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 297 aa  254  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  44.86 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0778  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 296 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  44.18 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4518  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 297 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 296 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0772  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.162438  normal  0.780092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 327 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 299 aa  242  6e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 330 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 300 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 315 aa  235  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  43.39 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  45.05 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>