More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0439 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  625  1e-178  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6962  LysR family transcriptional regulator  62.62 
 
 		 305 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 302 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 302 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6614  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 305 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  57.14 
 
 		 305 aa  329  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  55.37 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 325 aa  308  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2062  transcriptional regulator, LysR family  51.76 
 
 		 322 aa  305  9.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435121  normal  0.841238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3136  LysR family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 307 aa  289  5.0000000000000004e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 306 aa  281  9e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2558  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3395  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0602491  normal  0.492377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 330 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 297 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  40.32 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  38.36 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3872  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 327 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  37.67 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1474  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6978  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 317 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  37.38 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  38 
 
 		 306 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 360 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  35.71 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.32 
 
 		 311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>