More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2237 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2237  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540199  normal  0.909797 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  36.08 
 
 		 294 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.56 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  170  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 294 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0011  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  35.16 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 317 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  33.33 
 
 		 317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 303 aa  162  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 296 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 372 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 296 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5369  putative LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.269741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2873  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2360  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.612222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  32.77 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0803  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  31.27 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>