More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3899 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  76.29 
 
 		 296 aa  441  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  69.39 
 
 		 305 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  48.42 
 
 		 290 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 289 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 295 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 291 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 296 aa  220  3e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  46.06 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 386 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.94 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 292 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.07 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.36 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  30.27 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  102  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>