More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2361 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 287 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 287 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  58.74 
 
 		 311 aa  301  9e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  58.3 
 
 		 294 aa  298  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 316 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 316 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 318 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 318 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 303 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  57.78 
 
 		 297 aa  286  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 294 aa  285  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  42.65 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 290 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 290 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 290 aa  152  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.4 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 386 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.4 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 291 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.78 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  32.22 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 325 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.54 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.51 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 304 aa  99  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>