More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2414 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 284 aa  255  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  43.21 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 281 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.5 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 289 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 386 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.05 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.56 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  28.29 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1184  transcriptional regulator  26.79 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  23.99 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>