More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2061 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  94.01 
 
 		 293 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  94.01 
 
 		 293 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  79.15 
 
 		 295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  51.57 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 291 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  47.69 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  45.96 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 296 aa  229  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 284 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  42.08 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.6 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 290 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 290 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  39.15 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.87 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 291 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 318 aa  105  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 284 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 329 aa  99.4  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 291 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  33.61 
 
 		 312 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.63 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 303 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 343 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  33.61 
 
 		 312 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>