More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5637 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  547  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  45.52 
 
 		 313 aa  257  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 297 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 290 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  46.06 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 321 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.56 
 
 		 290 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 316 aa  145  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.46 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 386 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 287 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  102  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 296 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 296 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4455  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246938 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 309 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3989  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 286 aa  86.3  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.333459  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3238  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 286 aa  86.3  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1282  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 286 aa  86.3  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497428  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 317 aa  85.9  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  85.5  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>