More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0912 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  599  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  49.17 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 305 aa  268  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 291 aa  228  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 290 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 295 aa  209  6e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 293 aa  208  8e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 293 aa  208  8e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 304 aa  198  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 291 aa  198  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 288 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 294 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 287 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 281 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 288 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.38 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 306 aa  99  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 386 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.19 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 300 aa  92.8  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  32.78 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  21.88 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>