More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0307 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  95.22 
 
 		 293 aa  566  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.06 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 316 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 316 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  40.78 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 291 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 290 aa  171  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.32 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 386 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 295 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.07 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.07 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.95 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 304 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.2 
 
 		 329 aa  102  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>