More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06369 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 284 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 297 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  42.5 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 295 aa  179  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 281 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.89 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 294 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.55 
 
 		 325 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.71 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 318 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 318 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  96.3  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 303 aa  95.9  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 295 aa  92.4  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 291 aa  85.9  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1883  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0687382  normal  0.7379 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  27.57 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  29.39 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1554  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>