More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0630 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  45.86 
 
 		 290 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  46.24 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 295 aa  221  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 293 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 293 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 291 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  38.02 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 291 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  39.75 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 316 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.47 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 292 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 292 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.83 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 386 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 299 aa  105  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 293 aa  99.4  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 325 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 298 aa  96.3  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 314 aa  96.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 316 aa  95.9  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>