More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3081 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
293 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  94.01 
 
 
289 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  78.42 
 
 
295 aa  447  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  51.4 
 
 
290 aa  292  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
291 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 
321 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  47.9 
 
 
304 aa  252  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 
305 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 
296 aa  232  5e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 
296 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
291 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 
292 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
305 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
303 aa  208  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  43.33 
 
 
313 aa  188  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
284 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 
290 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  42.74 
 
 
296 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  42.74 
 
 
296 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  42.74 
 
 
296 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 
288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
296 aa  165  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 
290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 
290 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
299 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 
301 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.31 
 
 
290 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 
291 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 
291 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
316 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
301 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
292 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 
294 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
289 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.76 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.76 
 
 
294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 
291 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
286 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
298 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
298 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 
306 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
291 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 
294 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  39.17 
 
 
303 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
294 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 
293 aa  139  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 
293 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
292 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
294 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.51 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
300 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.55 
 
 
311 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
287 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
281 aa  132  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
316 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
386 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
294 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
292 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
293 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
316 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 
293 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  34.16 
 
 
284 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10830  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
291 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133975  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
318 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 
343 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
329 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 
307 aa  103  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
309 aa  102  8e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
306 aa  102  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 
300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
306 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
302 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.63 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
311 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 
302 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
321 aa  97.1  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 
312 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.6 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 
300 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
295 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>