More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4562 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
294 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  46.45 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  45.74 
 
 
294 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
300 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
297 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
294 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 
293 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
292 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 
294 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
290 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 
294 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
292 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
316 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
301 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
296 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
296 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
296 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
286 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
291 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 
306 aa  143  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
299 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 
291 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.4 
 
 
311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 
291 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 
290 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 
290 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 
290 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
295 aa  135  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 
297 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  34.05 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  34.05 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
291 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
289 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 
290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
318 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
318 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
386 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
303 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 
287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
305 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
291 aa  112  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
321 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
305 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
303 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 
300 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
304 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
300 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
300 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.51 
 
 
325 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 
300 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
300 aa  102  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
300 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 
300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
291 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
281 aa  98.6  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
305 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
294 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 
313 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 
300 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  28.57 
 
 
313 aa  95.5  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.43 
 
 
289 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
290 aa  90.9  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
302 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
283 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 
290 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>