More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0817 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  587  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  72.03 
 
 		 303 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  64.21 
 
 		 294 aa  347  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  61.05 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 316 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 316 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  56.84 
 
 		 287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 294 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 287 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 293 aa  215  8e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 291 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 316 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 291 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 386 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 313 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 313 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  32.63 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  30.25 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 318 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.76 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.67 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>