More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4905 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  44.1 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 288 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 289 aa  205  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 290 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.7 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 292 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  39.03 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  39.41 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.23 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 306 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 316 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 316 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 321 aa  148  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 291 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 		 306 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.42 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>