More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0288 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  592  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  95.22 
 
 		 293 aa  566  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 294 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.06 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 287 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 287 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 287 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 286 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 386 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  152  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 295 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  28.01 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.1 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.1 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.26 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  32.26 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.06 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  34.27 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.85 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 306 aa  106  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.26 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  31.72 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>