More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_4048 on replicon NC_008061
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  94.16 
 
 		 316 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  93.83 
 
 		 316 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  96.26 
 
 		 294 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  80.54 
 
 		 311 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  64.91 
 
 		 294 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  58.36 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 287 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 287 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 287 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  57.78 
 
 		 297 aa  269  5e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  40.61 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  40.61 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 306 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 294 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 292 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 386 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.17 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 294 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.11 
 
 		 331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 337 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 305 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  32.24 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.67 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.64 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  30.13 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0653  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105703  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.25 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>