More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3964 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
291 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 
316 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  64.29 
 
 
294 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  60.35 
 
 
292 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  59.78 
 
 
291 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 
290 aa  326  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  57.79 
 
 
299 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
296 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 
296 aa  322  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 
296 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.45 
 
 
290 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  54.86 
 
 
288 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  51.24 
 
 
289 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  49.43 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 
291 aa  236  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  47.5 
 
 
294 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  47.5 
 
 
294 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
301 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
294 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
294 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.93 
 
 
311 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
293 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
293 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 
306 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
287 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
316 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
303 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
298 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
298 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
286 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
292 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
294 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
289 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
300 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 
294 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
321 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
291 aa  145  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
284 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
295 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
294 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
386 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
293 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
291 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
291 aa  122  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  29.04 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 
297 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 
295 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
281 aa  108  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
291 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 
298 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 
322 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 
305 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 
314 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
303 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.76 
 
 
313 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 
306 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
301 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
305 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 
302 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
312 aa  99.8  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
305 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
314 aa  98.2  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  32.06 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
306 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 
305 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
307 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
301 aa  97.1  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>