More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2014 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  56.84 
 
 		 288 aa  302  5.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  51.24 
 
 		 290 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  51.24 
 
 		 290 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  51.47 
 
 		 291 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 296 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 296 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.21 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 291 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 292 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  47.55 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 291 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  47.71 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  47.71 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  39.44 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 306 aa  158  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  40.24 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 316 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 284 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 386 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 291 aa  99.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 291 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  26.22 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  25.53 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 281 aa  89.7  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.19 
 
 		 297 aa  89.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 288 aa  89  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1321  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.428076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 336 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>