More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6654 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 294 aa  271  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  50.52 
 
 		 294 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  40.51 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.9 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.93 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 386 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 287 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 296 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 300 aa  99  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 290 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1117  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.25236  hitchhiker  0.000000223001 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.24 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.91 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 311 aa  95.9  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 290 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  23.47 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 313 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>