More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0404 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  634    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
307 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
298 aa  192  5e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
315 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
320 aa  178  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 
297 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  39.92 
 
 
363 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
297 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
303 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
304 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 
321 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
316 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
316 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
310 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
345 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
315 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
348 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
342 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
342 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
310 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
310 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
291 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
361 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
310 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
347 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
349 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
297 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 
301 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
325 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
311 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 
332 aa  128  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
311 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 
300 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
305 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 
299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
327 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 
311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
295 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 
306 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
300 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 
298 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
318 aa  113  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 
296 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  27.36 
 
 
302 aa  112  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.21 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.21 
 
 
320 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
306 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 
303 aa  105  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 
339 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
297 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 
293 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 
307 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
292 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
292 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
292 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 
307 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 
289 aa  97.1  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
300 aa  97.1  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3752  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138543  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4592  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3771  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
296 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.382888  normal  0.377047 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2327  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
296 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
304 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
314 aa  96.3  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 
296 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
296 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 
294 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 
290 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
292 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 
295 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>