More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2214 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  94.43 
 
 		 287 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  58.3 
 
 		 294 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  57.62 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 316 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 316 aa  291  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  58.52 
 
 		 297 aa  291  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  57.2 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  52.98 
 
 		 303 aa  286  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  54.39 
 
 		 294 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  42.29 
 
 		 293 aa  209  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 286 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 306 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.04 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.78 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.25 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 294 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1443  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  34.02 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.82 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>