More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6838 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  67.72 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  64.91 
 
 		 318 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  64.91 
 
 		 318 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  64.91 
 
 		 294 aa  351  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 316 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  62.11 
 
 		 303 aa  323  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  64.81 
 
 		 297 aa  310  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 287 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 287 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 287 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 293 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 		 291 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 386 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  166  4e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.02 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  33.87 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  33.47 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 329 aa  129  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  33.47 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  33.47 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 336 aa  125  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  35.08 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  33.06 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  32.21 
 
 		 331 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 300 aa  118  9e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.06 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.41 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>