More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4065 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  603  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  74.65 
 
 		 290 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 296 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 296 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 292 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 296 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  70.83 
 
 		 291 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  68.64 
 
 		 290 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  57.79 
 
 		 290 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  57.79 
 
 		 290 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 316 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  55.87 
 
 		 294 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 291 aa  296  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  52.22 
 
 		 288 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  46.07 
 
 		 291 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  44.78 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  44.78 
 
 		 294 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  42.64 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 306 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  44.49 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  41.01 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 290 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 291 aa  136  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 281 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 283 aa  90.1  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.25 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.72 
 
 		 332 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  28.28 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  85.9  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  21.3 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>