More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0468 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  550  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  38.58 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 321 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  33.76 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 291 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.04 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 290 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 293 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 301 aa  99.4  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 386 aa  96.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 294 aa  92  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 303 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 294 aa  89  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 320 aa  89  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  31.99 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.8 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  25.36 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.760983  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>