More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1094 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  100 
 
 		 311 aa  608  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  81.29 
 
 		 316 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 316 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  80.54 
 
 		 318 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  81.29 
 
 		 294 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  80.54 
 
 		 318 aa  467  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  67.72 
 
 		 294 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  60.75 
 
 		 303 aa  331  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 287 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 287 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 287 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  61.57 
 
 		 297 aa  285  7e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 293 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 288 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  44.96 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  45.53 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  45.53 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 286 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 289 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 386 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 290 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.6 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 292 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  35.02 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 321 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.01 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.56 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 337 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  33.2 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 336 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.79 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  32.79 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.98 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>