More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4198 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 386 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  38.27 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 294 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.63 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 289 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 288 aa  119  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 291 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  29.44 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  29.44 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  29.44 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  29.44 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  29.44 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 288 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 294 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  31.18 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  31.18 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>